La Parrocchia Santi Gaudenzio e Biagio in Vinago risale al sec. XVI. Parrocchia della diocesi di Milano. E’ attestata come “capella” alla fine del XIV secolo nella pieve di Arsago (Notitia cleri 1398) e come “rettoria” nel 1564, sempre nella pieve di Arsago. Tra XVI e XVIII secolo, la parrocchia di San Gaudenzio di Vinago è costantemente ricordata negli atti delle visite pastorali compiute dagli arcivescovi di Milano e dai delegati arcivescovili nella pieve di Arsago.Nel 1755, durante la visita pastorale dell’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, il clero nella parrocchia di San Gaudenzio di Vinago era costituito dal solo parroco; per il popolo, che assommava a 128 anime complessive, di cui 90 comunicati, era istituita la scuola della dottrina cristiana; nella parrocchiale erano costituite la confraternita del Santissimo Sacramento e la società della Beata Vergine del Monte Carmelo, erette dall’arcivescovo Carlo Borromeo e confermate da Federico Borromeo l’8 ottobre 1622, entrambe senz’abito; esistevano inoltre i luigi pii o congregazioni dei poveri di San Lorenzo di Vinago, Cimbro, Besnate, Vergiate, Crenna, Arsago, fondato da Scipione Visconti con suo testamento il 2 agosto 1630 per ausilio dotale di fanciulle povere.
Verso la fine del XVIII secolo, secondo la nota specifica delle esenzioni prediali a favore delle parrocchie dello stato di Milano, San Gaudenzio di Vinago possedeva fondi per 279.14 pertiche; il numero delle anime, conteggiato tra la Pasqua del 1779 e quella del 1780, era di 151 (Nota parrocchie Stato di Milano, 1781). Nella stessa tabella delle parrocchie della città e diocesi di Milano, la rendita netta della parrocchia di Vinago assommava a lire 981.7.6; la nomina del titolare del beneficio parrocchiale spettava all’ordinario. 
Tra il 1899 e il 1900, all’epoca della prima visita pastorale dell’arcivescovo Andrea Carlo Ferrari nella pieve e vicariato di Arsago, il clero era costituito dal parroco. I parrocchiani erano 310; nel territorio parrocchiale esisteva l’oratorio di San Rocco; persisteva la confraternita del Santissimo Sacramento, e la Pie unione delle Figlie di Maria. La parrocchia era di nomina arcivescovile.
Nel XIX e XIX secolo, la parrocchia dei Santi Gaudenzio e Biagio di Vinago rimase sempre inserita nella pieve e vicariato foraneo di Arsago, fino alla revisione della struttura territoriale della diocesi, attuata tra il 1971 e il 1972 (decreto 11 marzo 1971, Sinodo Colombo 1972, cost. 326), quando fu inclusa nel nuovo vicariato foraneo e poi decanato di Somma Lombardo, nella zona pastorale II di Varese.
